Sí, es cierto que si interceptas una transmisión ésta está cifrada, pero sólo se trata de la transmisión, en el servidor estos datos se almacenan sin ninguna codificación. Dropbox no dispone de ningún sistema de encriptación en su sistema de archivos, pero nadie te impide encriptarlos tu mismo. Sin embargo, si haces esto, cuando decidas enlazarlos, vas a tener problemas y no podrás disfrutar de muchas de las opciones y funcionalidades que Dropbox te ofrece.
Tal como muestro en otras afirmaciones, existen serios e importantes motivos por parte de Dropbox para no cifrar tus archivos, por lo que es bastante difícil que en un futuro lo implementen, y sí, tal como están los hackers a día de hoy, Dropbox es suficientemente popular como para que a alguien, como poco se le haya pasado por la cabeza.
